A compatibilidade Flash tão reclamada no iPhone serve para duas coisas. Uma delas (a mais usual) é para a visualização de animações na internet, usadas geralmente em publicidade e gráficos interativos, além de vídeos. A outra é para rodar programas independentes, como jogos e utilitários.
Este último caso vai de encontro direto aos interesses da Apple, mas o primeiro pode ser resolvido com substitutos. Pelo menos com o desenvolvimento de animações por CSS, que já é compatível com o iPhone.
A novidade é para navegadores baseados no webkit, como o Safari. Além de animações normais, também existe o suporte ao 3D. Para ver como funciona, basta visualizar a seguinte página no seu iPhone ou iPod touch:
http://webkit.org/blog-files/leaves/index.html
Há também outros dois exemplos aqui e aqui (atualmente não funciona em navegadores normais).
Tudo isso faz parte dos esforços constantes da Apple em adotar tecnologias padrões nos seus dispositivos, para que eles fiquem cada vez mais independentes do Adobe Flash.
Mas tudo vai depender da adoção do público. Para que o iPhone realmente fique independente do Flash, seria necessário antes de tudo que os editores e anunciantes dos sites adotassem a idéia, coisa que não é assim tão simples.
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